Чтобы подключить свой php.ini надо создать файл .htaccess в корневом каталоге вашего сайта ( по умолчанию эта папка называется public_html). В файле .htaccess надо указать путь к файлу php.ini.
пример (файл .htaccess):

suPHP_ConfigPath /home/loginname/php.ini

По указанному пути создайте файлу php.ini с вашими настроиками
пример (файл php.ini ):

magic_quotes_gpc = Off
upload_max_filesize = 128M
max_execution_time = 60
post_max_size = 128M

Обратите внимание что в пути к php.ini
/home/loginname/php.ini
вам надо заменить loginname на ваш логин к Cpanel